Anton Duffek war tschechischer Staatsbürger. Von 1916 bis 1925 war er Mitglied der SDAP. 1927 emigrierte Duffek aus wirtschaftlichen Gründen in die Sowjetunion; es gibt einen Hinweis, dass er im Zusammenhang mit der von Karl Uhl organisierten österreichischen Kasachstan-Auswanderergruppe, die dort 1926 die so genannte Uhlfeld-Kolonie gründete, in die Sowjetunion kam. Duffek scheint jedoch in den Teilnehmerlisten nicht auf. Duffek arbeitete zur Zeit seiner Verhaftung als tierärztlicher Assistent in der Kolchose Rot Front im Gebiet Dnepropetrovsk in der Ukraine. 1935 war er aus der VKP (b) ausgeschlossen worden, weil er die ihm vorgeschlagene sowjetische Staatsbürgerschaft abgelehnt hatte. Die Verwaltung des NKVD in Dnepropetrovsk leitete den Strafakt von Duffek (sowie den seines Sohnes  Rudolf Duffek) an das Politbüro weiter, das am 21. Oktober 1937 die Todesstrafe für Anton Duffek befürwortete. Die Anschuldigungen lauteten auf Mitgliedschaft in einer konterrevolutionären trotzkistisch-terroristischen Organisation und Sabotage. Der Zeitpunkt der Verhaftung, der Verurteilung und der Hinrichtung ist nicht bekannt.