Eltern Hoteliers, Besuch des Gymnasiums, anschließend Medizinstudium und Promotion, Hilfsarzt im 1. Weltkrieg, Arzt für Kriegsverwundete im Bruder-Hospital Paderborn. Militärgerichtliches Verfahren wegen "Erregung von Missstimmungen im Heer". 1920 Heirat mit der Diakonissenschwester Helene Jantzen, 1920 Beitritt zur SPD und der DFG, Engagement für SAJ und Naturfreunde. 1921 Kassenarzt in Detmold. Nach Kirchenaustritt Mitglied im Deutschen Freidenker-Verband und Vorsitzender des Freigeistigen Kartells Lippe. 1923 Zuchthausstrafe von zwei Jahren wegen Verstoßes gegen den Paragraphen 218, die später abgemildert wurde. Trennung von Frau und Tochter Ursula 1931, Lebenspartnerschaft mit Erna Klöpping. Erneute Verurteilung zu einer vierwöchigen Gefängnisstrafe wegen Propagierung des Gebrauchs von Verhütungsmitteln (Verstoß gegen den § 184). 1932 Mitglied des "Bundes der Freunde der Sowjetunion", Ausschluss aus der SPD wegen "Teilnahme an einer KPD-Veranstaltung". Mitglied der KPD. 1933 Schutzhaft, Entzug der Kassenzulassung. Flucht in die Niederlande, später nach Belgien. Als Tourist im Oktober 1933 Einreise in die Sowjetunion. Aufenthalt in Magnitogorsk, dort Arzt im Zentral-Krankenhaus. Kandidat der WKP(b). Erna Klöpping folgte Thunert im August 1935 in die Sowjetunion. 1936 wurde Thunert sowjetischer Staatsbürger, am 2. November 1937 vom NKWD verhaftet und am 5. Januar 1938 gemäß § 58 des sowjetischen Strafgesetzbuches ("konterrevolutionäre Verbrechen") zum Tod durch Erschießen verurteilt. In der Urteilsbegründung heisst es, Thunert sei 1933 als Agent der Gestapo in die Sowjetunion gekommen und in Magnitogorsk einer konterrevolutionären und zersetzenden Spionageorganisation beigetreten. Im Zentral-Krankenhaus habe er die bakteriologische Zersetzung geplant und Sabotage an medizinischen Geräten verübt. Das Urteil wurde sofort vollstreckt. 1958 rehabilitiert.

Hedeler, Wladislaw: Möglichkeiten und Grenzen bei der Erstellung von Kollektivbiographien Dokumente von Gulag-Häftlingen in den Kaderakten der Komintern. In: Buckmiller, Michael u. Klaus Meschkat (Hrsg.): Biographisches Handbuch zur Geschichte der Kommunistischen Internationale. Berlin: De Gruyter, 2007, S. 400; Hartmann, Jürgen: Das Exil als "Menschenfalle". Das Schicksal von Carl Thunert und Erna Klöpping in der Sowjetunion. In: Lippische Mitteilungen aus Geschichte und Landeskunde. Detmold 73 (2004), S. 241-254